Senator i minister obrony narodowej
25 września 2005 został wybrany aż do Senatu jak pretendent Komitetu Wyborczego Prawa i Sprawiedliwości w okręgu bydgoskim. Kadencję rozpoczął 20 października 2005, w Senacie VI kadencji był członkiem komisji spraw zagranicznych.
31 października 2005 został przysięgły na ministra obrony narodowej w rządzie Kazimierza Marcinkiewicza oraz od chwili nowa 14 lipca 2006 w rządzie Jarosława Kaczyńskiego.
5 lutego 2007 podał się aż do dymisji. W mediach jak przyczynę dymisji sugerowano spór z szefem Służby Kontrwywiadu Wojskowego termin przeciwstawny Macierewiczem[3]. Została ona przyjęta na mocy przedstawienie premierowe Jarosława Kaczyńskiego[4]. Oficjalnie powodem przyjęcia dymisji była negatywna umiejętność Ministerstwa Obrony Narodowej po przeprowadzeniu przeglądu resortów na przełomie 2006 i 2007, tymczasem jeszcze 16 stycznia 2007 prowadzący Komitetu Stałego Rady Ministrów minister Przemysław Gosiewski twierdził, że minister Sikorski ma sukurs przedstawienie premierowe i zostanie w rządzie[5]. Prezydent 7 lutego 2007 odwołał go z urzędu, powołując na ministra obrony narodowej dotychczasowego szefa Kancelarii Prezydenta Aleksandra Szczygłę.